中医体系诸种现代化依其与中医本体知识是否直接相关，可分为辅助性现代化（如教学体系、科研程序、**交流等的现代化）和本体性现代化，后者又可分为技术性（如病种、剂型、诊疗手段等）现代化和理论现代化。中医理论现代化是中医体系现代化的深层核心及关键。因为现代学科的核心即是其理论体系。

　　定义：用病因、人体、药物、针灸用品等事物自身的微观特性，来说明中医的宏观病邪性质、人体生理、病理、发病机理、药性、针灸特性、治疗机理，取代原有的中医理论，就是中医理论现代化。

　　中医理论现代化，不是中医理论的微观化，因为传统的中医理论，虽有形式上事物宏观特性描述，但其本质是虚构的、非实证的，是"无"，只是中医经验的复述。因此，中医理论现代化，不是原有理论的深层发掘，而是把中医从无理论变为有理论，是"无中生有"。对中医经验来说，则可以说是微观化。

　　一般的中医理论是非实证的本质掺杂有实证因素；但经络理论相反，是实证的本质掺杂非实证的因素，这是由它独特的来源和可验证性决定的。

　　所以，中医理论现代化的本质，是使中医从经验医学转为理论医学；即从知其然到知其所以然。这是认识深度上的变化。

　　中医理论现代化的本质，是使中医从自然哲学转变为实验医学。这是认识方法论上的变化。 

　　这两方面的变化是互相融合，密不可分的，前一转变是主体，后一转变是内核。缺少任一方面，中医理论现代化的进程就无法完成。单纯强调前一方面，则是"中学为体、西学为用"的典型表现。

　　在从经验到理论的转变过程中，同时伴随方法论的转变，这是中医经验理论化与现代医学从经验到理论的转变过程的不同之处。因为中医经验中，融贯了传统的方法论，而西医经验从传统方法论指导到现代方法论指导的转变过程从文艺复兴至19世纪已经完成。

　　方法论转变的伴随，使中医理论现代化不可避免地涉及中医最根本、争论最多的理论问题，中医理论现代化的完成不可能迥避这些问题的解决。

　　由于人类从感性认识到理性认识的认识规律，以及中医的经验医学特点，中医理论现代化将是中医诸种现代化中最后完成的。

　　中医传统方法论与现代科学方法论的最根本区别在于其非实证性和非逻辑性。前者指在知识体系和客观事物的关系上，不遵守知识来源于客观事物、具有可检验性、接受客观事物检验的基本原则。后者指思维过程违反形式逻辑要求。

　　在经验层次，中医传统方法论的影响存在于中医经验、传统中医理论（形式上的理论、实质上的经验复述）、中医经验与传统中医理论的关系三个方面。

　　在中医理论现代化过程中，应利用现代科学方法论分析、清除传统方法论在中医经验层次的影响，并指导现代中医理论的建立和理解中医经验与现代中医理论的关系。但由于认识上的困难，这一工作在以前关未得到自觉地、实质性的执行。因此，传统方法论的影响同样存在于已有的现代中医理论及理解中医经验与现代中医理论的关系两个方面上。

　　上述五个方面中医传统方法论的影响及在现代科学方法论指导下进行科学化改造的具体内容例下： 

　　一、中医经验方面：逻辑性错误（概念、判断、推理、逻辑规律、假说、论证各方面违反逻辑形式要求）：如概念多岐、自相矛盾、推理前提不充分等。非实证性错误：以先验性概念体系、机械性统一体系理念、形而上学方法、通过削足适履性改造，使中医实质上的零碎经验形成虚假的、形式上的统一体系，增加了许多虚假内容。经验体系缺乏可检验性及具有不受检验性。应予以形式逻辑分析及实证化。

　　二、传统中医理论方面：同一。由于黑箱方法，逻辑上以无类比附为突出特点，导致本质上的非实证化。针对此点应使理论经验化。

　　三、中医经验与传统中医理论关系方面：同一。特点是要求经验与理论直观、机械、无条件对应，使经验和理论无原则地改造以适应对方，导致经验虚化、理论实用化，增加虚假内容。以及理论对经验的附属观念。

　　四、现代中医理论方面：同一。

　　五、中医经验与现代中医理论关系方面：同三。

　　上述五个方面非实证性，非逻辑性方法论影响所造成的明显问题例如：①如何突破长期以来的"证实"、"解释"研究模式？②能否与纯五行推论作为研究基础？③分析性研究是否不符合整体观？④证候动物模型上用传统中医病因造模是否就比用西药、细菌一类因素造模更符合证候本质？⑤当宏观经验与微观机制符合率低时何舍何从？⑥同一中医名词是否就一定有同一微观机制基础？⑦用肾脏调节钙磷代谢影响骨髂发育证明"肾主骨"的一类研究方法与在肾虚病人上研究肾本质一类研究方法是否等价？⑧内科脾湿之"脾"与《伤寒论》太阴脾病之"脾"是否同一概念？⑨辨证标准的制定是否有只求同不求异的弊病？⑩中医理论体系的概念是否一定要保持原形？

　　中医理论现代化实验研究及成果已有相当规模，应对之进行体系化总结，这一工作已有初步实践。但在总结过程中， 用现代科学方法论对上述五个方面进行分析、评价、改造，摒弃其错误，是**这一工作科学性的必具条件。